十六年前，一个巨大的传送门毫无征兆地出现在日本东京羽田机场上空。
大量被称为【恶魔】的异形生物从传送门中出现，大举进攻东京。
恶魔由数个具有高等智能的【怪人】，与大量只受怪人的命令与动物本能控制的【魔人】组成。
由于恶魔的侵袭太过突然，自卫队与驻日美军还没来得及反应，恶魔就已杀进东京市区，肆意破坏屠戮，造成了一场震惊世界的灾难。这场灾难后来被称为【异界入侵】。
传送门打开的第二天，成建制的陆上自卫队进入市区，与恶魔展开了残酷的巷战。
然而由于恶魔能使用当时的科学无法解释的魔法能力释放法术和强化自己的肉体，拥有极高的单兵战斗力，自卫队战损比悬殊。
当天下午，恶魔的先锋渗透部队对市区内的陆上自卫队指挥节点发动了斩首行动，陆上自卫队指挥系统崩溃，整个首都圈沦为人间地狱。
——
在传送门打开的六个月间，全日本国民都生活在惊惶恐惧之中。
美国虽然希望直接介入异界入侵，但受制于中俄的阻挠，并没有派遣军队参与东京的巷战，只将舰队开到日本沿海提供火力支援。
中俄则同样派出舰队在日本周围海域游弋，与美国的舰队对峙的同时，肢解那些胆敢尝试离开日本的恶魔，并随时准备将被恶魔完全占领的东京夷为平地。
日本国内，政府宣布进行紧急全民动员，陆上自卫队被改组为【国民自卫队】。满载青年男女自卫队员的列车，从日本全境一列接一列地开进首都圈，为夺回东京，保护自己的祖国，与恶魔展开了殊死决战。
与此同时，文部科学省对恶魔的研究也在进行。
对捕获的魔人进行研究后，研究者发现，恶魔可以使用【魔力输出器官】来释放法术、强化肉体。
恶魔使用魔法的客观条件——【魔力】，这个世界同样具备，并且人类体内也有魔力储存与流转的【魔力回路】。
但是，人类并不具备魔力输出器官，而这也就意味着，人类只能任由魔力自然流转，而无法使用这份改造自然的伟力。
尽管研究者引导自卫队中的志愿者，通过外置魔力输出器官强行运用自己的魔力，但这些志愿者无一例外丧失了神智，最终陷入【魔人化】状态，只知道用魔力强化肉体，以及满足自己的动物本能。
然而，在传送门打开将近六个月的时候，一位叫【道明寺圣正】的天才研究员，发明了能使人类在保持神智的前提下，掌控自己体内魔力的人造魔力输出器官——【圣使晶石】。
与圣使晶石产生共鸣的纯洁少女，可以使用自己体内的魔力变身，获得完全掌控魔力的能力，而且不会因魔力失控丧失神智。
这些少女，被称为【圣使少女】。圣使少女掌握运用魔力的方法后，恶魔的法术与肉体优势便不复存在。
全国各地的少女经过圣使晶石的遴选，一百零八名圣使少女组成了【圣使少女战斗队】，与国民自卫队一齐向恶魔发动反攻。
经历了六天惨烈的决战，付出了绝大部分圣使少女战死，甚至道明寺圣正博士也在一次防御战中被杀的代价，国民自卫队最终夺回了日本全境的控制权。
在这场战争的最后，最强圣使少女——【圣使少女：无色纯钻】带领【枢要宝石小队】，与【触手怪人：代号：参谋长】在羽田机场的决战中胜出，关闭了传送门，正式宣告异界入侵结束。
——
然而，即使传送门被关闭，蛰伏在日本境内的恶魔残党仍然时不时发动垂死挣扎的袭击。
为了防止恶魔再次危害日本，日本政府决定保留国民自卫队与圣使少女战斗队。
虽然世界各国忌惮圣使少女的强大战斗力，但由于联合国安全理事会成员在异界入侵的威胁下仍然互相争斗，从结果上没有积极制止发生在日本的人道主义惨剧，这一决议并没有受到国际社会的强硬反对。
但圣使少女，毕竟还是足以颠覆人类战争形势的强大战斗力。为了避免自己的强大战斗力引发更多国际纠纷，最强圣使少女：无色纯钻在异界入侵结束一年后，选择隐退，宣誓不再使用圣使晶石，离开了圣使少女战斗队。
不过，圣使少女：无色纯钻的战友，异界入侵最后决战中仅剩的幸存者——枢要宝石小队的【圣使少女：蓝水晶】、【圣使少女：祖母绿】、【圣使少女：红宝石】，作为实力最强的三大圣使少女，仍然鼓舞着纯洁善良的少女加入圣使少女战斗队，守护家人、朋友、还有日本国民的安全。
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